1848-ci ildə Rusiya İmperiyası dövründə Şuşa şəhərində inşa edilmişdir. Həbsxana Şuşa qalasının aşağı tərəfində, şərq qapısı yaxınlığında tikilmişdir. Həbsxananın inşa edilməsi zamanı qala divarlarının bir hissəsi və müdafiə qüllələri həbsxana divarları kimi istifadə edilmişdir. Bu zaman Şuşa qalasının Ağoğlan qapısı həbsxanaya giriş kimi dəyişdirilərək yenidən formalaşdırılmışdır.

Həbsxana 350 nəfərin cəza çəkməsi üçün nəzərdə tutulmuşdu. Sonradan bu say min nəfər məhbusadək artırılıb.

Sovet hakimiyyəti illərində qapalı tipli cəza çəkmə müəssisə kimi fəaliyyət göstərib. Əsasən ağır cinayət törətmiş məhbusların saxlanma yeri olub.

Şuşa həbsxanasının 99 kamerası olub ki, bunların 96-da dustaqlar qalıb, 3-ü isə cərimə otağı kimi istifadə olunub. Məhbuslar həbs olunduqları maddələrə uyğun olaraq, kameralara bölüşdürülürdü. Buna uyğun bəzi kamerada 2, bəzilərində isə 30-40 məhbus saxlanılırdı.

Kişilərlə yanaşı, türmənin qadın məhkumları da olub. Amma onların sayı həmişə az olub

Şuşa həbsxanası Rusiya İmperiyası və SSRİ hakimiyyəti dövründə ən dəhşətli türmələrdən hesab olunurdu. Burada cinayət aləminin məşhur nüfuzlu nümayəndələri - “Korzubı Vaqif”, “Razboynik Çingiz”, “Malış Söhbət”, Tengiz və "Lotu Hikmət" cəza çəkib.

1992-ci il may ayının 8-i Şuşa şəhərinin işğal gününə qədər türmənin son rəisi Aydın Abbasov olub. O, şəhərin işğalından bir neçə saat əvvəl cəza çəkən 36 azərbaycanlı məhkumu sərbəst buraxaraq onları döyüşə çağırıb. Erməni məhbuslar isə bir müddət öncə Bakıya göndərilib. Azərbaycanlı məhbuslar əllərinə silah alaraq döyüşüblər, onların bir neçəsi fədakarlığına görə sonradan əfv olunub, bəzilərinin isə qanunun verdiyi imkanlar çərçivəsində cəzası azaldılıb. Döyüşlər zamanı türmənin iki zabiti şəhid olub.

Şəhər işğal edildikdən sonra həbsxana 1995-ci ildən Qondarma Dağlıq Qarabağ Respublikasıda cinayət törədən şəxslərin saxlanıldığı islah-əmək düşərgəsinə çevrilib

Qondarma Dağlıq Qarabağ Respublikası zamanı həbsxana 3 rejimdə — qapalı, yarımqapalı və açıq fəaliyyət göstərirdi. Qapalı rejimdə cəza çəkənlərin sayı 33 nəfərdən ibarət olduğu bildirilirdi. Yarımqapalı rejimdə 41, açıq rejimdə isə daha 58 nəfər cəza çəkirdi.
2020-ci il noyabrın 8-də Şuşa ordumuz tərəfindən azad edilənə qədər həbsxanadakı gizli hücrələrdə azərbaycanlı Dilqəm Əsgərov və Şahbaz Quliyev də saxlanılırdı. 2014-cü il iyulun 11-də Rusiya vətəndaşı Dilqəm Əsgərov və Azərbaycan vətəndaşı Şahbaz Quliyev Kəlbəcər rayonunda öz ata-baba yurdlarını ziyarət etmək istəyərkən Ermənistan Silahlı Qüvvələri tərəfindən girov götürülüblər, Azərbaycan vətəndaşı Həsən Həsənov isə öldürülüb. İşğal altındakı Dağlıq Qarabağda Dilqəm Əsgərov və Şahbaz Quliyev üzərində qanunsuz "məhkəmə" qurublar. "Məhkəmə"nin qərarı ilə Dilqəm Əsgərov ömürlük, Şahbaz Quliyev isə 22 il müddətinə azadlıqdan məhrum edilmə cəzasına məhkum olunub.

Azərbaycan ordusunun əkshücum əməliyyatlarına görə 4 oktyabr 2020-ci ildə Dilgəm Əsgərov və Şahbaz Quliyev saxlanıldıqları Şuşa həbsxanasından Ermənistana aparıblar. Onlarla bərabər digər məhbuslarda şəhər azad edilməmişdən öncə Ermənistana aparılıblar.